Etter å ha bosatt seg i Green Hills, er Sonic ivrig etter å bevise at han har det som skal til for å bli en sann helt. Sjansen kommer da Dr. Robotnik kommer tilbake, denne gangen med en ny partner, Knuckles, på jakt etter en smaragd som har makt til å ødelegge sivilisasjoner. Sonic slår seg sammen med sin egen hjelper, Tails, og sammen legger de ut på en verdensomspennende reise for å finne smaragden før den faller i feil hender.