En mystisk, svartkledd revolvermann, El Topo, rir gjennom ørkenen sammen med sønnen sin. Målet deres er ikke åpenbart, og de går en uviss skjebne i møte. Rideturen tar slutt idet de ankommer en liten by som er blitt plyndret av banditter som også har drept innbyggerne. El Topo bestemmer seg for å ta hevn, og stadig mer blod las flyte. Men dette er kun den første av en rekke brutale hendelser på deres vei. El Topo er Jodorowskys andre film, og den har inspirert filmskapere som David Lynch, Peter Fonda og Dennis Hopper.