Chan Wing Yan blir kastet ut av politiskolen fordi slektningene hans er involvert i organisert kriminalitet. Men politisjefen øyner en mulighet, og tilbyr Yan jobb som infiltratør i triaden ledet av hans halvbror. Samtidig blir Ming en del av politistyrken, han som i virkeligheten har mye sterkere bånd til triaden. Internal Affairs II er den andre delen av den innflytelsesrike trilogien, og forteller historien som leder opp til den første filmen.