Vitenskapen har funnet en metode til å bote mutantene fra deres egenskaper. Dette stiller verdens mutanter foran en ny prøvelse. Professor Xaviers X-Men har alltid jobbet for menneskehetens beste, mens Magnetos Brotherhood kjemper for mutantenes rettigheter, og en uunngåelig konflikt har oppstått mellom gruppene. Men når menneskeheten står foran en ny æra, står kampen mellom mutanter og resten av verden.