NCIS-teamet er tilbake med 24 spenningsfylte episoder i sesong ni. Spesialagent Jethro Gibbs (Mark Harmon) leder fremdeles teamet ved Naval Criminal Investigative Service mens de gransker intense militærsaker. De etterforsker bl.a. nasjonale sikkerhetsbrudd, et hemmelig samfunn bestående av superhelter og brutale drap. Et drap fører dem helt til Afghanistan.