Etter Det andre nedslaget angriper Den fjerde engelen Tokyo-3, og menneskenes skjebne er i organisasjonen NERVs hender. Unge Shinji Ikari blir tvunget til å styre EVA-01. Han og piloten til EVA-00, Rei Ayanami, blir sendt ut i kamp, men Den sjette engelen skader EVA-01. Misato Katsuragi legger en plan for å sende all Japans elektrisitet gjennom EVA-01s positronkanon for å bekjempe Engelen.