I Tropa de Elite - Nådeløs Fiende fortsetter historien om verdens farligste by, Rio de Janeiro. Gatene er like utrygge som før, men nå fins de absolutt farligste forbryterne blant politikere og innen politikorpset. Kaptein Nascimento tvinges til å sette spørsmålstegn ved sin lojalitet og gamle venner forvandles til fiender.