Newton-familien bor i sitt komfortable hjem, men noe ser ut til å mangle. Dette hullet fylles av en liten valp som kommer inn i hjemmet og livet deres. Beethoven som han kalles, vokser snart opp og blir stor! Men Dr. Herman Varnick, områdets veterinær, driver en hemmelig og fryktelig sidevirksomhet som krever mange hunder til dyreforsøk, og Beethoven står på listen hans.