Etter en atomkrig blir verden styrt av intelligente aper. De blir ledet av den sympatiske Cæsar. Med hjelp av hustruen Lisa, en orangutang og et menneske styrer Caesar et primitivt, men fredelig samfunn. Uroen stiger når de oppdager at aggressive mennesker har bosatt seg i ruinene etter en by i nærheten. Mens menneskene forbereder et angrep på apene forbereder en gruppe krigerske gorillaer et opprør mot Cæsar. For å redde sin krigsherjede verden må Cæsar kjempe mot både fiender og allierte.