John Carter er basert på Edgar Rice Burroughs sin klassiske Science fiction-roman om krigsveteranen John Carter som uventet transporteres til Barsoom. Der blir han dratt inn i en konflikt av enorme proporsjoner mellom krigende stammer og eksotiske ørkenskapninger. Carter går inn i kampen og gjenoppdager medmenneskeligheten han tidligere mistet mens verden holder på å rase sammen. Han innser snart at ansvaret for Barsoom og innbyggernes overlevelse hviler i hans hender.