Det er gått to år siden Stuart flyttet inn hos familien Little. Men selv om Stuart stortrives, lengter han allikevel etter en venn, som bare er hans. Så da en såret fugl ved navn Margalo plutselig lander i Stuarts bil og forteller at hun blir truet av den onde Falcon, inviterer Stuart henne til å bo hos familien Little. Men da Margalo på mystisk vis forsvinner, drar Stuart og katten Snowbell...