I Lost River, en by som de fleste allerede har forlatt, utspiller det seg en hensynsløs kamp mellom det gode og det onde. Billy, en alenemor med to sønner, sveipes inn i en mørk marerittlignende underverden da hennes eldste tenåringssønn Bones oppdager en vei som leder til en skjult undervannsby. For å redde livene til familien må både Billy og Bones konfrontere sine egne mørke hemmeligheter.