Napoleon Dynamite er en sosialt tilbakestående tenåring som bor i Idaho med sin storebror Kip, deres bestemor og lamaen Tina. Broren er arbeidsledig og bedriver dagene med å chatte med "babes". Bestemor lever et dobbeltliv med sine mystiske kjærester og firhjulinger i ørkenen. Napoleon får to venner på skolen - den sjenerte Deb som kjemper for å skaffe penger til College og utvekslingsstudenten Pedro.