X-Men er mutanter som er født med fantastiske krefter - noen kan forflytte gjenstander ved hjelp av tankens kraft, andre kan drepe med blikket. Deres oppgave er å beskytte en verden som både frykter og hater dem. I dette eventyret må Professor Xavler, Wolverine, Cyclops, Storm og de andre heltene samarbeide med erkefienden Magneto for å bekjempe en enda verre fiende.