Bestefaren til Jake etterlater en rekke ledetråder til et mysterium som strekker seg over forskjellige verdener og til ulik tid. Det fører Jake til Miss Peregrine's Home for Peculiar Children. Mysteriet blir tydeligere når Jake lærer mer om sine nye venner og evnene deres. Snart oppdager han også hvor mektige fiender de har, og innser at bare hans egen "evne" kan redde dem.