Det militære eliteavdelingen G.I. Joe fortsetter kampen mot den ondskapsfulle organisasjonen Cobra, som har tatt kontroll over USAs president og tilintetgjort G.I. Joes base. Samtidig som de overlevende soldatene jages for forbrytelser mot staten, benytter de seg av organisasjonens grunnlegger Joseph Colton for å hevne seg på Cobra.