Etter at Scientologi-kirken nekter å samarbeide om å lage en dokumentarfilm, jobber Louis Theroux med tidligere scientolog Mark Rathbun med denne filmen. Kirken overvåker Theroux og filmteamet, som fører til flere heftige konfrontasjoner. Theroux er også spørrende til Rathbuns tidligere medvirkning i kirkens "terroristiske" aktiviteter, noe som fører til spenninger mellom de to.