I oldtidens Japan møter vi gutten Kubo, som trollbinder folk med sine historier og magiske origami-figurer. Men når han vekker en ond ånd fra fortiden, blir det starten på et dramatisk eventyr der han får hjelp av både en smart ape og en dyktig samurai. 'Kubo og det magiske instrumentet' er produsert av animasjonsselskapet Laika, som også står bak 'Coraline', 'Boxtrolls' og 'ParaNorman'.