En fengselsvakt i et sørstatsfengsel blir overbevist om at tusenbeinet er løsningen på overfylte og kaotiske fengsler. Med hjelp av fangene planlegger han et grotesk og skremmende eksperiment for å gjenopprette orden - og tar skrekkserien til et absurd og makabert klimaks. The Human Centipede 3 er en mørk, morbid humoristisk og provoserende avslutning på trilogien.