Totto-chan er en livlig syv år gammel jente, alltid begeistret over verden rundt seg. Når denne "begeistringen" fører til at hun blir utvist fra den lokale offentlige skolen, begynner hun på en ny type skole hvor barna får frihet til å utforske hva enn som interesserer dem. Her begynner Totto-chan virkelig å blomstre – selv mens Japan synker dypere inn i Andre verdenskrig.