Batman: The Doom That Came to Gotham er en historie satt på 1920-tallet der oppdagelsesreisende Bruce Wayne ved et uhell slipper løs en eldgammel ondskap, noe som fører ham tilbake til Gotham City etter to tiårs fravær. Den logisk og vitenskapelig orienterte Batman må kjempe mot Lovecraftiske overnaturlige krefter som truer Gothams eksistens.